Dalla sua fondazione la comunità al-Khalil si è stabilita nel monastero di Mar Musa, Nebek.
Dal 2000 al 2015 è stata presente anche nel monastero di Mar Elian, al-Qaryatayn.
Incastonato tra le montagne deserte del Qalamun, il monastero di Mar Musa al-Habashi (San Mosè l’Abissino, o l'Etiope) si trova a circa 80 km a nord di Damasco, in direzione di Palmira, a 17 km dalla vicina città di Nebek.
Anche per la sua collocazione strategica, si ipotizza che il corpo centrale del monastero fosse in origine una antica torre di vedetta romana.
La tradizione racconta che Mosè era un principe etiope che lasciò la corona per condurre vita eremitica in una delle grotte sulle montagne che circondano il monastero. Altri monaci eremiti lo imitarono stabilendosi in questo luogo. La forma di vita adottata era inizialmente quello della "laura", cioè di una vita semi-eremitica in cui i monaci abitavano nelle grotte e alla domenica condividevano la chiesa e altri spazi comuni.
Nell'XI secolo, passando alla vita cenobitica, i monaci ricostruirono la chiesa ampliandola e decorandola con bellissimi affreschi. Per molti secoli il monastero fu abitato da monaci di rito siro-antiocheno, prima di essere definitivamente abbandonato.
Nonostante lo stato di abbandono, l'utilizzo inappropriato degli spazi da parte dei pastori e i danni provocati dai saccheggi, la comunità di Nebek ha sempre conservato la memoria e il valore di questo luogo.
Nel 1982 padre Paolo Dall'Oglio trascorre dieci giorrni in ritiro spirituale tra le rovine del monastero, e se ne innamora. È questo il luogo dove potrà dar vita al suo sogno di una comunità monastica, in Medio Oriente, consacrata alla mutua comprensione e collaborazione islamo-cristiana.
Nel 1984 dà inizio al recupero del monastero, con l'aiuto della Chiesa locale, del governo siriano e di numerosi amici e volontari siriani, italiani e di altre nazionalità. Il restauro degli affreschi della chiesa, che sono databili tra l’XI e il XIII secolo in tre strati sovrapposti, è portato avanti da un'equipe italo-siriana e completato nel 2003.
A partire dal 1991 padre Paolo si trasferisce stabilmente a Deir Mar Musa e inizia a condurvi vita monastica insieme con il primo novizio Jacques Mourad. Da allora altri monaci si sono uniti, e il monastero è diventato meta di pellegrini, viaggiatori, persone in ricerca, siriani e stranieri, attirando migiaia di persone ogni anno.
Numerosi sono stati i lavori che hanno reso il monastero più adatto alla vita monastica e all’ospitalità. Alcune grotte naturali in prossimità dell’edificio originario sono state trasformate in celle. Sulla montagna di fronte, attorno ad un antico eremitaggio, è stata edificata l'ala nuova del monastero (al-Hayek) destinata alle monache e agli ospiti.
Negli anni più duri della guerra molte attività sono state interrotte (l’allevamento delle capre, il laboratorio del formaggio e l'ospitalità) e tutti i monaci presenti hanno abitato nella parte antica del monastero. Ma anche nei momenti più difficili la comunità monastica non ha mai voluto abbandonare il monastero, scegliendo di rimanere a fianco della popolazione locale.
Da qualche tempo gli spostamenti nella zona sono divenuti più sicuri e le persone hanno ricominciato a frequentare il monastero. Talvolta giungono in visita gruppi anche numerosi, e si respira nuovamente lo spirito di accoglienza che ha sempre caratterizzato questo luogo.
